台湾的非侵入性胎儿染色体基因检测开始于2011年，香港的BGI华大基因与时任台大医院妇产科的苏怡宁医师合作，开始在台湾推广非侵入性胎儿染色体基因检测(NIFTY)，但初期民众的接受度并不高。
2012年，讯联生技和中国北京的贝瑞和康(Berry Genomics)合作，将中国的非侵入性胎儿染色体检测(NIPT)引进台湾，并开始透过推妇产科诊所与医院广进行推广。2012年9月，苏怡宁医师因故离开台大医院，创立慧智基因，以先前跟香港BGI合作的经验为基础，开始在台湾进行检测，并终止和香港BGI的合作关系，让BGI暂时退出台湾市场。因此，台湾早期的NIFTY市场，主要由讯联生技和慧智基因所均分。但因为台湾民众长期习惯于全民健保的廉价化医疗服务，对于自费医疗项目的接受度并不高，多数选择费用低廉的血清指标筛检和羊膜穿刺检查，因此非侵入性胎儿染色体基因检测的普及率尚低(1~2%)，年度市场规模大约在3000-4000例左右，年产值约9600万元。2014年3月，台湾基康(Genehealth)与香港 BGI 再度引进非侵入性胎儿染色体基因检测NIFTY，并在一年内异军突起，成功取得超过20%的市场占有率，与讯联生技和慧智基因形成三足鼎立之势。
目前台湾主要的检测供应商主要为: 讯联生技、台湾基康、慧智基因等三家，因为长期经营医疗院所通路，就合计囊括了90%的市场占有率。另外，来自美国的检测商Natera和Ariosa Diagnostics在台湾也有提供NIPT检测服务，但无法有效掌握台湾的医疗产业生态，加上定价策略较其他三间优势厂商缺乏竞争优势，因此始终保持只有3~5%左右的市场占有率。孕妇接受检测的收费则是在20,000-24,000元之间，各家因检测项目多寡收费不一(详见附表)。
2014年5月，台中发生一起孕妇因接受羊膜穿刺而引发感染造成母胎双亡的不幸事件，引起大众对于羊膜穿刺的安全性产生疑虑，正视侵入性检查可能造成的风险。许多孕妇转而寻求安全又能兼具准确性的产检方式，让非侵入性胎儿染色体基因检测的需求日益提升，普及率从2%逐渐成长到将近5%的水平，年度市场规模也提升到近10,000例，年产值约2.5亿元。有鉴于商机蓬勃，数家生技公司(例如:基龙米克斯和宣捷干细胞生技)也纷纷投入非侵入性胎儿染色体基因检测的业务推广，但身为市场后进者，仍无法撼动讯联生技、台湾基康、慧智基因三强鼎立的局面。
2014年11月，台湾卫生福利部国民健康署公告提高34岁以上孕妇的羊膜穿刺费用补助至新台币5000元，虽然立意良善，但却变相鼓励民众选择侵入性产检，让孕妇与医疗人员面临更多的医疗风险，更与目前欧美先进国家除非必要否则不鼓励孕妇接受侵入性检查的趋势完全背道而驰。
台湾政府补助政策让非侵入性胎儿染色体基因检测市场的成长速度在短期内趋于缓慢成长，但长远来看，台湾的非侵入性胎儿染色体基因检测的普及率仍远远低于欧洲、美洲甚至亚洲其他国家，有非常大的成长潜力。
