无需 PCR 也行的新型基因检测技术:CRISPR 芯片

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CRISPR-Cas9 系统除了基因编辑,还有基因标靶的能力。近日,刊登于《Nature Biomedical Engineering》的一篇研究提及,将 CRISPR 与石墨烯制成的电子晶体管结合,制成一种新型手持式基因检测工具 CRISPR 芯片(CRISPR-Chip),它能够在几分钟内检测到特定的基因突变,未来可望应用于快速诊断遗传疾病及评估基因编辑的精准性。

为了利用 CRISPR 的基因标靶能力,该研究团队使用失活的 Cas9 蛋白,它能找到 DNA 的特定位置但不会切割它的,并将其连接到由石墨烯制成的晶体管上。当 CRISPR 复合物在其标靶的 DNA 上找到斑点时,它与其结合并触发石墨烯的电导率的变化,进而反过来改变晶体管的电特性。

与众不同的是,该研究的 CRISPR 技术开发是利用奈米电子技术检测 DNA 样本基因突变,直接省去 PCR 流程( PCR-free / Amplification-free ),不再侷限于实验室,同样可在其他环境下直接进行检测。例如,它能在医生办公室或野外工作环境中进行基因检测,而无需将样品送到实验室。美国克莱蒙特麦金纳学院(Claremont McKenna College)凯克研究所(KGI)的助理教授 Kiana Aran 谈到,石墨烯电晶体具有极高的灵敏度,与 CRISPR 技术合而为一,将纯化过的 DNA 样本放在芯片上,几分钟便可得知检测结果。

自基因检测蓬勃发展,成为临床医师及遗传学专家寻找致病基因突变的利器。该研究团队也透过杜氏肌肉萎缩症(Duchenne Muscular Dystrophy,DMD)突变基因位点进行检测证实其功效。

以 DMD 两种常见突变基因的检体样本进行 CRISPR-Chip 检测,在 15 分钟内芯片输出资讯的灵敏度为 1.7 fM ,其输出信号相较于没有基因标靶(gene targeting)序列的样本来的高。由于 DMD 是大量的肌肉营养不良蛋白基因突变引起,使用 CRISPR-Chip 可以节省 PCR 成本及上机时间,更能协助医师为患者规划个人化治疗和预防治疗,如,个体抗药性基因筛检、遗传筛检。另外,该技术也可监测 CRISPR 与特定 DNA 序列结合与否,或是引导 RNA(guide RNA,gRNA)设计的正确性。

该研究的共同作者加利福尼亚大学柏克莱分校(The University of California, Berkeley)生物工程学教授 Niren Murthy 表示,只需要从患者身上抽取检体, DNA 样本纯化后与 CRISPR-Chip 结合随即检测 DNA 序列,是该技术最重要的优势,这将引领床边检测(bedside assay)趋势。

最后,他们希望持续优化并推出更多样化的 CRISPR-Chip 技术应用,未来设计出一次多种的引导 RNA(gRNA)进行检测,达到短时间侦测多个基因突变的目标。

延伸阅读:呼风唤雨的“CRISPR / Cas9”系统

参考资料:
1.https://news.berkeley.edu/2019/03/25/new-crispr-powered-device-detects-genetic-mutations-in-minutes/
2.https://www.nature.com/articles/s41551-019-0371-x

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