让基因检测更正确──从非洲探索失落的遗传多样性

0

随着基因体学突飞猛进,许多领域都有长足的进展。在医学方面,靠着基因体学的分析,如今已经有了“基因检测”之类的医疗应用。然而,基因检测仍有不少问题有待克服,例如遗传与疾病的关连并没有想像中直观,也存在各种导致误判的因素,该如何改善呢?有专家表示,深入认识非洲族群的遗传,有助于增进对全人类的了解,可望为基因检测的发展带来新契机。[1]

人类失落的遗传多样性

研究非洲人,能造福全人类?这要由人类演化的历史切入,现今非洲以外的人,不论位于世界何处,遗传上都可以追溯到数万年前离开非洲的一小群人。现代人的祖先是在非洲长期演化而成,所以离开非洲后的时间,相较于非洲时期要短得多。

人类代代相传的过程中会累积遗传差异,平均分配在每个人的基因组中。离开非洲的移民,相对于当时非洲总人口而言比例很低,因此人类在非洲几十万年来累积的遗传差异,只有很小一部份随着少少的移民离开非洲。

而离开非洲的这一小群移民,后来分化出世界各地千变万化的人们。然而无论是欧洲人,或是台湾的我们,都只继承到远祖众多变异中的一小部分;由遗传观点来看,尽管非洲以外的人口后来是非洲的好几倍,非洲人相较于其他地方的总和,遗传多样性其实却是更丰富的。

另一方面,人类与其他生物一样,也会受到演化力量的影响,天择(nature selection)与遗传漂变(genetic drift)都会影响基因传承的机率。漂变是随机的作用,也就是基因传递与否与它对个体的利害无关;天择则受利害影响,基因若对个体有利,则传递下去的机率会增加,反之,若是对个体有害,则被天择所剔除,无法继续传承。

在小族群中,随机漂变的影响力较大,天择比较不能消灭有害变异,特别是危害不大,负面效果微弱的有害变异;大族群刚好相反,天择在大族群中更能有效去除有害突变。套用在人类:非洲是大族群,非洲外是小族群;因此理论上,在较大的非洲族群中,天择比其他地方更能发挥扫除有害突变的威力;有害变异则更容易保存于非洲外,小族群人的基因组中,也就是你我。

而现今愈来愈流行的基因检测,正是希望从中找出那些可能造成危害的遗传变异。因此遗传上多样性较高,相对更“健康”的非洲族群,便可成为很有价值的对照。

寻找致病的遗传变异

每个人在遗传上皆大同小异,多数差异终其一生都不会造成危害,但只要存在那微小的、对人有害的差异,就有造成疾病的风险。然而,怎么知道哪些差异对人有害?标准作法是,比较罹病者与一般人之间的 DNA 差异,再靠着统计分析,推估哪些变异与此一疾病有关。

说来容易做来难。遗传因子与疾病的关联,往往不是那么直观,当中存在各种因素会导致误判。

被侦测到与疾病相关的遗传变异,有些本身就是致病原因,却不容易被证明;确切的致病机转,也往往需要许多实验才能厘清。不过一旦能建立某变异与某疾病之间的因果关系,那该变异就能作为侦测此疾病的遗传标记,在作基因检测时若看到一个人具有该变异,就意谓有罹病的风险。

误判的可能

侦测疾病时有用的遗传标记,本身却不必然需要与疾病有因果关系。假如真正造成疾病的基因突变,与该 DNA 变异于遗传上连锁在一块,如此一来,只要侦测到那个连锁的变异,就代表造成疾病的致病变异同时存在,有罹病的风险。

然而,不确定有因果关系,而是建立于关联性的基因检测,也有误判的危险。由于突变之故,每个人 DNA 序列上本来都会存在一些差异。某疾病本身若是由罕见变异 A 造成,可以想像机率上,此人一定也会同时携带其他的罕见变异 B,但是变异 B 却跟疾病一点关系都没有,A 与 B 一同出现,纯属巧合。

可是在取样有限时,假如误判两个罕见变异 A 与 B 之间有关联性,那么在此一认知下,只遗传到 B,而没有 A 的其他人,本来应该与疾病无关,却会由于之前错误的认知,而被误判为也有罹病的风险,造成无谓的恐慌,甚至是错误的治疗。

25101024_xxl

延伸阅读:基因也环保 ?! 长链非编码 RNA 的诞生

待开发的非洲基因宝库

要避免上述问题,必需掌握更加全面的资讯。取样不足下,误以为有关联性的机率较高,取样更多,将能降低误判的机率。以上述状况而言,若能取样到其他也携带 B,却没有疾病的人,那么统计上就能排除 B 与疾病的关联。而全人类各族群,哪边的遗传多样性最高,有望提供最多有用的线索呢?

答案无疑是非洲!去年发表的论文报告了一个实际案例 [2]。之前认为 5 个遗传变异与肥厚性心肌症(hypertrophic cardiomyopathy)有关,一些非洲人由于被侦测到携带这些变异,接受进一步医疗,才发现其实是误诊。此后大家就知道,这批变异事实上与肥厚性心肌症没有关系,非洲外的病人之所以同时遗传到这 5 个变异,纯属巧合。

此外,探讨非洲族群的遗传,除了医疗上的应用,也具有其他意义。首先,研究非洲人,当然有助于更认识非洲人,对欠缺学术资源的非洲而言意义重大。在人类演化方面,由于非洲是全人类的起源地,深入探索非洲也能增长考古方面的知识。若是非洲族群的基因资讯能应用得宜,除了有益于非洲人本身及学术价值之外,如上所述,也能促使基因检测更正确,进而造福全世界。

文   /  寒波

延伸阅读:鸡排的起源?从古 DNA 探索鸡的驯化与育种过程

参考文献:
1. McClellan, J. M., Lehner, T., & King, M. C. (2017). Gene Discovery for Complex Traits: Lessons from Africa. Cell, 171(2), 261-264.
2. Manrai, A. K., Funke, B. H., Rehm, H. L., Olesen, M. S., Maron, B. A., Szolovits, P., … & Kohane, I. S. (2016). Genetic misdiagnoses and the potential for health disparities. New England Journal of Medicine, 375(7), 655-665.

(作者部落格《盲眼的尼安德塔石器匠》、同名的粉丝团《同名的粉丝团》,欢迎参观、拍打、与喂食)

©www.geneonline.news. All rights reserved. 基因线上版权所有 未经授权不得转载。合作请联系:service@geneonlineasia.com

Share.
error: 注意: 右键复制内容已停用!