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基因體中心系列專訪(二):榮陽基因體中心 腫瘤免疫與基因體的整合

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榮陽基因體中心於 2000 年成立,為台灣最早的基因體中心之一,多年來,致力於包括生物資訊、定序、微陣列及與榮總合作的影像系統等尖端計畫,也成為國家的核心設施。

中心主要分為兩個部分,一是核心設施,二是研究團隊。核心設施目前由林奇宏老師帶領多位非常有經驗的成員,包含花嘉玲經理、劉孜孜博士等,作為和學術、臨床連結的服務平台。研究團隊則是由陽明大學為主的基礎研究學者和台北榮總為主的臨床醫師及研究員組成。研究主體涵蓋了口腔頭頸癌、大腸直腸癌及肺癌等,並以疾病作為組成研究團隊的基礎,包含了臨床醫師、癌症生物學家、基因體科學家、免疫學家,把腫瘤免疫和基因體科學在團隊內整合。

榮陽基因體研究中心 楊慕華主任

榮陽基因體研究中心 楊慕華主任

從傳統基因體引領世代發展

中心成立至今經過了幾次轉型,早期以高通量產出的產能,在硬體設備和人員建置皆相當完善的基礎下,陸續開啟了許多基因體計畫,包括人類的第四號染色體、黑猩猩、及蔡世峰老師的克雷白氏菌解碼等,從無到有的 de nove sequence。

早期最重要的研究,即為蔡世峰老師與北榮陳威明醫師的合作成果。當時陳威明醫師發現了一個股骨頭缺血性壞死的家族,由蔡世峰老師籌劃染色體定位及基因選殖,成功找到致病基因,這個成果也登上生醫類的頂尖期刊 — 新英格蘭雜誌,是相當重要的里程碑。

在徐明達老師任內,開始了台灣第一個表觀基因體計畫,發現許多表觀基因體的基礎調控機制,建立表觀基因體的分析平台,並撰寫成為教科書分享成果。從探查未來的方向、透過與研究單位的合作發展,再將相關技術教育推廣出去的技術研發流程及分享,也是中心的目標之一。

國立陽明大學 榮陽基因體研究中心

國立陽明大學 榮陽基因體研究中心

2008 年之後,較偏向計畫導向,由吳國瑞老師及楊慕華老師帶領癌症研究團隊,以基因體為平台做腫瘤轉移的研究,並有多篇成果發表於《nature cell biology》及《cancer cell》等期刊。而在老化方面也由跨中心研究成員蔡亭芬教授全球第一個發現與老鼠壽命相關的長壽基因CSID2,更做了許多傑出的研究及專利。

從早期蔡世峰老師在傳統定序及基因體研究成果,到徐明達老師在表觀基因體上的系列研究,及現在癌症、疾病導向的時代,由吳國瑞老師及楊慕華老師在癌症轉移方面、蔡亭芬老師在老化方面的研究,都是榮陽基因體中心發展的足跡。

資訊共享計畫應由國家主導

大約四到五年前,在基因體醫學國家型科技計畫(NRPGM)的時代,有討論過是否要將所有拿國科會經費的計畫研究結果數據資料上傳到國網中心,但在當時會議上的意見分歧,未制定這樣的條款。榮陽基因體中心歷年來都希望這些資料可以一再地被應用,但是以核心設施的角度,必須考慮到使用者的隱私和顧慮,為避免造成使用者的恐慌,在資料庫公開方面態度較為保守。中心認為,應由國家制定規範,例如規定凡是由科技部計畫支付經費的研究結果都應該上傳公開,在這樣的制度之下,再由陽明等基因體中心擔任執行單位的角色,才能達到資訊共享而使用者沒有顧慮的狀態。

從高中生到臨床醫師的教育訓練

國家核心計畫的任務之一,就是教育推廣。榮陽基因體中心在教育層面上可以分為學生和科研團隊兩大方向。學生的部份包含在碩士班新生暑期學分班、醫學系的醫師科學家課程中所開設的理論課程與實務操作教學,另外也有國高中生每年的參訪活動。而對於廣大的科研團隊,教育的部份更是投入許多心力。開設許多教育訓練課程,包含了 pathway、microarray、NGS、pyrosequence、Q-PCR 等相關的資料分析訓練課程,也會和廠商配合,請國外原廠或相關人士來講解訓練,幫助科研團隊在拿到數據後的分析應用。除此之外,也配合計畫辦公室,做全國性的巡迴,以及生技月等活動的參與。近年來也受到許多學校系所或學程邀請舉辦基因體相關講座。

這些課程之外,基因體中心還有一個重要的任務,就是去協助臨床醫師完成基因體研究,一方面將檢體數據做到讓醫師能夠判讀而不會太艱深,另一方面也幫助克服醫師在進入科研領域、基因體科學時會遇到的困難。從 2015 年底開始,核心設施整併生物資訊核心,提出一個目標:「使用者導向的服務」。跳脫過去純粹收檢體、分析後提供數據資料,現在往前跨一步,從資料的收集、分析到實驗的規劃開始與研究者攜手合作,開啟「線上預約門診」的服務,中心內有許多研究員或資深技術員都有專家門診時間,上網預約掛號就能提供實驗諮詢的服務,若問題非單一專家可以解決,也有聯合門診的時間。從最開始的規劃、評估,如何在經費不足或檢體不足的情況下達到最好的研究成果,也避免拿到數據才發現分析方式的選擇錯誤,提高研究成功機率。

榮陽基因體研究中心 花嘉玲經理

榮陽基因體研究中心 花嘉玲經理

延伸閱讀:基因體中心系列專訪(一):成大基因體中心 從研究到臨床應用

腫瘤免疫與農業應用

楊慕華老師在 2013 年接任陽明免疫學研究中心,2014 年接任基因體中心,同時擔任兩個中心的主任,也是榮總的腫瘤科醫師。身兼多重角色的楊老師,看見了免疫與腫瘤必然的發展趨勢,即開始著手於這方面的研究。研究團隊未來的方向也以利用基因體科學為平台,與臨床結合,做腫瘤與免疫相關的研究為主。

核心設施希望能走向自給自足的單位。主要業務分為與學校合作,成為校內的儀器中心;榮總合作,成為榮總的分子實驗室;第三部分則是相當特別的,非人醫的部份。非人醫的部份包含了農業和商業的應用。由於核心設施的主持人林奇宏老師目前擔任新北市衛生局局長,發現有許多民生問題是可以透過高通量的基因體分析去解決,譬如說基改食品、摻偽等食品檢驗項目。因為現在的高通量技術,可以用過去 1/7 的錢、1/5 的樣品、1/10 的時間,去做出一樣的效果。有業者表示,其實政府對於食安的規範是嚴格的,但沒有這樣的檢驗機制去讓執法者可以嚴格執行。榮陽基因體中心就協助成立這樣的平台,再將資訊散播出去。除了幫助食安等民生問題的檢驗之外,提供基因體育種技術用以取代基改植物,也是應用方向之一。以基因體為平台的腫瘤免疫、成為學校的儀器中心、榮總的分子檢驗實驗室和致力於農業及民生問題篩檢,是榮陽基因體中心未來前進的方向。

下篇預告:
臺灣大學基因體醫學研究中心致力於跨領域整合、研究發展與服務平台,以及生醫大數據的應用,並且在癌症與感染疾病、生物資訊、體學(Omics)融合及國際合作,都有非常亮眼的成果! 更多關於臺灣大學基因體醫學研究中心的報導,敬請期待基因體中心系列專訪(三):臺灣大學基因體醫學研究中心 體學(Omics)融合與跨領域對化。

延伸閱讀:精準醫療專文(下):腫瘤細胞庫新解 化 2D 為 3D

首圖來源:http://genoinfocore.ym.edu.tw/?page_id=111

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