新興藥物資料庫《DrugCentral》 助人從砂礫中挑珍珠

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藥物資料庫一個藥物要成功上市,大多需要走過數十年的研發過程。萬事起頭難,起初的研究和資料搜尋也如同大海撈針。因此,若有一個好資料庫,不但能幫助研發人員找到研究方向和策略,也能幫助公司減少專利侵權的機率,進而減省不少成本和時間。

《DrugCentral》為近年來興起的藥物資料庫,它於 2016 年首次公開,並在 2017 年《核酸研究資料庫》(Nucleic Acids Research Database, NAR Database) 中發布。它收集藥物活性成分(active pharmaceutical ingredients, API)、藥物療效標靶(如人類蛋白標靶、傳染病標靶、代謝物和生物聚合物)、藥物晶體複合物(protein–drug crystal complex, PDB)、生物活性位點(bioactivity data points)、藥理分類、適應症、禁忌症 、仿單標示外使用(off-label uses)、外部標識符號(external identifiers)、藥物配方(pharmaceutical formulations)。

根據 Google 學術搜索顯示,自首次發布以來,DrugCentral 已被引用 33 次,它也已被整合到多個開放的公共資源平台,如 ChEMBL、ChEBI、PubChem、Probes and Drugs、 Pharos和repoDB。

近日,DrugCentral 推出 2018 年最新版本,它分別新增 103 個新 API (小分子藥物與生物製劑為大宗)、 1656 個生物活性位點、3624 個外部標識符號以及 10420 種新藥物配方資訊,其中 56.55% 為非處方(over the counter, OTC)配方。此外,它更另外新增美國食品藥物管理局(FDA)不良事件數據、具治療等效性評估之核准藥品目錄(Approved Drug Products with Therapeutic Equivalences,又稱橘皮書,The Orange Book)資訊、質子化常數(protonation constants,酸鹼解離常數)、整合性細胞網路資料庫(Library of Integrated Network-based Cellular Signatures, LINCS)的 L1000 連接攪動地圖(L1000 Connectivity Map perturbational profiles),簡稱 LINCS L1000 地圖。

橙皮書目前包含 34850 種已上市和和 14766 種已停產的藥物資訊,以及市場獨占性和專利訊息,以及 20084 種獨特的市售配方,其中 96.56% 是處方藥,而 3.44% 是 OTC。質子化常數與人體吸收藥物成分、分佈、代謝、排泄和毒性有關。LINCS L1000 地圖,則是應用於分析高通量細胞株經藥理學處理或基因體擾動後(敲除或過度表現)的基因表現變化。

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參考資料:
1. Nucleic Acids Research, gky963, https://doi.org/10.1093/nar/gky963
2. http://drugcentral.org

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