基因检测怎么选?数据库规模与临床文献成重点!

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基因乘载了生物密码,透过分析基因密码,可以了解个人的先天体质,知道个体先天带来的适应优劣情况,但每个人于后天的生活环境因素、作息习惯等也皆是影响身体健康的重要因子,个人基因检测资讯对于临床医学上的应用与治疗方案评估有相辅相成的效果,在临床医学中逐步展现重要性,然而现代科学针对不同的基因领域研究深度不同,应用开发等成熟度上也有差异,造成各界对基因检测服务有了资讯的认知落差。

近年基因定序技术的优化、效率提升、经年累月大量数据资料的建库为基因检测产业打下基础,以及临床经验的累积,使得基因科技的应用蓬勃发展,目前较为常见的应用包含个人先天基因检验、癌症肿瘤伴随式诊断、医疗用药参考、产前遗传检测等领域,其中又以产前遗传检测技术最为纯熟、应用相对广泛与普及。以妇产科领域检查为例,基因检测在临床上应用于怀孕前检测及怀孕后产前筛检相对成熟。孕前的部分,夫妻透过遗传性基因检测可以了解彼此先天基因型态、遗传性疾病隐性基因带因风险,作为怀孕规划参考。比如今年发表于《European Journal of Human Genetics》期刊上的研究成果佐证,该研究针对中国南方多种族群进行常见11种单基因遗传病扩展性带因者筛检分析测试,结果发现将近27.49%的受检者至少带有1种隐性遗传疾病的单基因异常,这些无家族病史的受检者,透过基因检测才发现本身具有潜在带因,其中也发现有2.43%的受检夫妻为风险家庭,约每40对夫妻约有1对会有机率生下异常婴孩。

另一方面,则是怀孕后的产前筛检,透过抽取母亲血液,进行非侵入性胎儿染色体基因检测(Non-Invasive Fetal Trisomy test, NIFTY/NIPT/NIPS),分析母体血液中从胎儿游离出来的染色体基因讯号,借此了解胎儿染色体是否异常,这类非侵入性的产检,可作为过去侵入式羊膜穿刺检测前的初步筛检,亦可扩大受检族群年龄层与范围,为孕程提供更完整的保护。

以往,只有高龄产妇或初期筛检结果为高风险的孕妇,才有必要在医师的建议之下接受羊膜穿刺的诊断。然而,羊膜穿刺术有其无法预期的风险存在,并不建议年龄未达高龄时或初期筛检结果无异常的孕妇进行,这也造成一些特定的染色体缺失/重复的遗传性疾病案例成为检测的漏网之鱼,进而造成遗憾。因此,美国妇产科医学会 (ACOG) 于2015年时,正式建议将基因层级的分析检测—NIPT列为孕妇胎儿产前筛检的建议项目之一。非侵入性胎儿染色体基因检测在产前筛检的主要项目中,具备相对安全、检验灵敏度高等优势,在逐步迈入晚婚、高龄化生子的社会环境下,这类型检测的接受度也日益提升,然而检测琳瑯满目,该如何选择安全、准确的检测产品则是准父母的大考验。

 

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基因检测产品的优劣,建立于许多细节之上,比如:各疾病检验项目的确立条件、分析实验室的成熟度、生物数据库的资源与累积样本数、检验讯号的判读通量与判读深度等,都有可能影响此技术应用于妇产科筛检的表现,在选择产前检测的产品时,可以上述项目作为评估依据。

于统计上,越是庞大的数据分析,越能降低与实际的偏差值,使分析结果更加接近真实情况,因此分析生物数据库的资源与累积样本案例数,可视为基因检测产品品质的参考指标之一。而在临床上,以NIFTY 检验项目来说,检验服务的项目是否有文献佐证或实际案例发生相当重要,2018年 8 月由美国学者 Diana Bianchi 团队发表在新英格兰杂志 (The New England Journal of Medicine) 的评论性文章 (review article) 指出,许多染色体缺失/重复疾病,在临床上已经能透过NIFTY进行筛检出,项目涵盖1p36 缺失症候群、Wolf-Hirschhorn 症候群、猫哭症候群、Langer-Giedion症候群、雅各布森 (Jacobsen) 症候群、小胖威利症、天使症候群、狄乔治氏症候群或一些较罕见的体染色体倍数异常 (例如:16 号或 22 号染色体三倍体),甚至大于一定尺寸 (7Mb)以上的染色体片段缺失/重复,这篇研究整理列举的临床案例,清楚呈现NIFTY 检验的临床应用价
值。

基因检测技术突飞猛进,应用发展迅速,由上述的成果更可预期,未来在妇产科领域的检测应用上,将能造福更多民众,然而在享受基因检测带来帮助之前,民众对于检测服务背后的科学依据、技术条件等,应该能更主动的深入了解与关注,才能在各个不同的阶段,正确的选择合适且精准的检测服务产品,真正受益于基因检测。

 

文/zong ye

参考资料:

1.MIT Technology Review.Source: Company reports, Leah Larkin, ISOGG.

2.Cellfree DNA Screening for Aneuploidy (ACOG Committee Opinion 2015)

3.Performance Evaluation of NIPT in Detection of Chromosomal Copy Number Variants Using Low-Coverage Whole-Genome Sequencing of Plasma DNA. PLoS One. 2016 Jul 14;11(7):e0159233.
4.Sequencing of Circulating Cell-free DNA during Pregnancy. N Engl J Med. 2018 Aug 2;379(5):464-473.

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