病毒的反轉錄現象
根據遺傳中心法則定義：DNA 經轉錄作用產生 RNA， RNA 再轉譯形成蛋白質。RNA 反轉錄現象有別於上述原則，一些 RNA 病毒本身帶有反轉錄酶（reverse transcriptase），在進入宿主體內後，能將自身遺傳物質 RNA 透過反轉錄作用形成 DNA，嵌入宿主基因體。現今常見的腺病毒載體疫苗，即是利用病毒反轉錄的原理設計。
新冠病毒反轉錄嵌入宿主基因組
由美國麻省理工學院懷海德生物醫學研究所（Whitehead Institute for Biomedical Research）與國家癌症研究所（National Cancer Institute）共同執行的研究指出，當人被新冠病毒（ SARS-CoV-2）感染時，該病毒 RNA 有可能會反轉錄成 DNA，並且與人類宿主 DNA 嵌合，可見新冠病毒也是一種 RNA 反轉錄病毒。相關成果刊登於《Proceedings of the National Academy of Sciences》。
該研究團隊進行奈米孔長序列定序（nanopore long-read sequencing）、 Illumina 雙端長全基因組定序 （paired-end whole genomic sequencing）與 Tn5 標籤基礎的 DNA 嵌合點強化定序（ Tn5 tagmentation-based DNA integration site enrichment sequencing）三種方法，都發現新冠病毒 RNA 嵌合進宿主基因組，形成病毒–宿主嵌合體轉錄本（viral-host chimeric transcript）。
事實上，許多動物體內都可以發現非反轉錄 RNA 病毒的基因序列，這種基因嵌合形式，與透過長散布胞核元件（long interspersed nuclear element 1, LINE 1）反轉錄轉座子，將病毒 DNA 植入宿主生殖線細胞，釋放相同訊號。也就是動物內生性的病毒遺傳序列，和透過 LINE 1 反轉錄轉座子人工調控的基因嵌入，顯示出類似的機制。
新冠病毒基因體「嵌合」人體 DNA 與「復陽」有關？
該研究結果可望解釋新冠感染者「復陽」的現象，也就是患者復原後，一段時間後接受 PCR 檢驗又呈現陽性反應的可能原因。該研究團隊推論，檢測會反覆偵測到病毒 RNA ，卻沒發現病毒在人體內複製是由於病毒的小片段 RNA ，可能透過反轉錄作用嵌合進入宿主 DNA，進而造成復陽的結果。
針對新冠病毒 RNA 嵌合進入人體基因組的發現，研究團隊指出 2 方面後續效應。首先，這可能危及感染者的免疫系統，嚴重的話會引發自體免疫疾病。另外，這也顯示病毒 DNA 嵌入和其他因病毒自然感染所引發的疾病的關聯，例如登革熱和流感病毒。
爭議
然而，這項研究成果引發了不小的爭議。這當中主要有 2 股批評聲浪。
其一是研究方法的合理性問題，批評者認為此項實驗有研究方法上的瑕疵，批評者透過證據指出，該實驗結果顯示的病毒與人類基因嵌合體，是透過實驗方法誘導的產物，而不是如研究團隊宣稱，為病毒反轉錄的直接結果，因此可信度不高。
另一方面，從防疫的考量來說，批評者認為這項研究的論點會降低公眾施打疫苗的意願，例如 mRNA 疫苗可能嵌入接受疫苗者基因的安全疑慮，將助長反疫苗聲量。
儘管以上研究論點正反搖擺仍是個爭點，可以確定的是未來新冠病毒檢測方式與疫苗設計上，將需要互相修正以跟進前沿研究進展。
延伸閱讀：新冠病毒如何感染口腔細胞？無症狀患者可能透過唾液傳染給其他人參考資料：
1. https://www.news-medical.net/news/20210510/Researchers-show-SARS-CoV-2-genes-can-be-integrated-into-the-human-genome.aspx
2. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2021; https://www.pnas.org/content/118/21/e2105968118#sec-5
3. https://www.sciencemag.org/news/2021/05/further-evidence-offered-claim-genes-pandemic-coronavirus-can-integrate-human-dna
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