小分子 RNA 為長度 50-250 之間的核苷酸的 RNA，依功能可分為 microRNA、piRNAs（Piwi interacting RNAs）、tsRNA（tRNA-derived small RNA）。它在癌症、糖尿病、神經性疾病和生殖扮演相當重要的角色。然而，以前的技術是無法檢測到這些小分子 RNA。
隨著高通量 RNA 定序技術的進步（RNA-seq）也大大促進了小型非編碼 RNA（small non-coding RNA, sncRNA）的發現，但是由於 RNA 修飾干擾轉接子（adapter）連接和反轉錄過程，進而阻止了帶有這些修飾的 sncRNA 的檢測，使得目前廣泛使用的 RNA-seq 的定序結果仍有不小的誤差。
新型 RNA 定序技術誕生，克服 RNA 修飾限制
近日，加州大學河濱分校（University of California, Riverside）研究團隊開發了一種新型 RNA 定序方法，即是透過克服 RNA 修飾中止定序來全景顯示 RNA（panoramic RNA display by overcoming RNA modification aborted sequencing，簡稱 PANDORA-seq），來幫助人們發現許多經過化學修飾的小RNA。
PANDORA-seq 採用組合酶處理（combinatorial enzymatic treatment）來去除阻礙轉接子連接和反轉錄的關鍵 RNA 修飾。
PANDORA-seq 於幹細胞臨床應用
該研究團隊使用 PANDORA-seq 來分析體細胞重新編程為誘導性多功能幹細胞時的小分子 RNA 變化，然後發現某些 tsRNA 和 rsRNA 可以影響蛋白質合成，甚至影響胚胎幹細胞的譜系分化，而不是由 microRNA 主導。此結果顛覆過去的認知，即是 microRNA 主導著許多哺乳動物的組織和細胞的分化，piRNAs 則在睾丸中表現來調控並調節生殖細胞的發育。
擴大 RNA 研究視野
PANDORA-seq 可望擴大小 RNA 的研究視野，可能需要重新審查以前所有使用傳統 RNA 定序的研究。該研究團隊下一步想要研究 tsRNA/rsRNA 的產生方式，以及它們在幹細胞中的功能，以及在發育過程中如何協調細胞命運。
延伸閱讀：揪出細胞層次裡的致病真兇：單細胞 RNA 定序結合微流體技術參考資料：
1. Nat Cell Biol (2021). https://doi.org/10.1038/s41556-021-00652-7
2. https://news.ucr.edu/articles/2021/04/05/new-method-expands-world-small-rnas
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