由誘導性多功能幹細胞分化的心肌細胞(induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes, iPSC-CMs)已應用於檢測各種鈣離子異常的遺傳性心臟疾病研究,如兒茶酚胺依賴性多形心室頻脈(catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia, CPVT)、QT 延長症候群(long QT syndrome, LQT)和心肌肥厚症(hypertrophic cardiomyopathy, HCM)等。
近日,芬蘭坦佩雷大學(University of Tampere)研究團隊指出,他們能透過訊息分析方法和不同的機器學習演算法(machine learning algorithms),來分析健康族群、CPVT、LQT、HCM 的心肌細胞鈣離子瞬變(transient),並且區分它們,而且分類準確度高達 87%。該研究刊登於《Scientific Reports》上。
該研究團隊首先使內臟內胚層類細胞(visceral endoderm-like cells, END-2)和 iPSC 共同培養,促使三種遺傳性心臟病(CPVT、LQT、HCM)和健康族群的 iPSC 分化成可自發跳動的心肌細胞。接著,將心肌細胞分離成單一細胞,以便進行鈣離子分析。然後,他們使用機器學習演算法對鈣離子瞬變訊號進行分類,即是將每個峰分為正常或異常類型,如果訊號的一個峰值被歸類為異常,則整個訊號被判定是異常的。然而,並非將全部鈣離子瞬變訊號會被全自動分類為正常或異常,他們還會透過人類專家來確定它們的分類,以確保分類的正確性。
該研究團隊指出,遺傳性心臟病的基因檢測於近 20 年大大增加,參與不同疾病的基因和基因變異的數量有所增加,但未知意義發現的罹病率也加倍成長。潛在的致病變異的外顯率(penetrance)往往不完全或僅在生命後期出現,再加上臨床表型還可能受到其他因素的影響,例如個體的基因體以及許多環境因素或生活方式因素,從而使遺傳性心臟病的診斷複雜化,並延遲潛在的預防性藥物治療。然而,透過 iPSC-CM 和機器學習測量鈣離子訊號的方式可補足基因檢測的不足,在未來可望成為更好和更先進的遺傳性心臟病診斷方法。
延伸閱讀:未來疾病檢測,AI 技高一籌?參考資料:
1. Scientific Reports, 2018; 8 (1) DOI: 10.1038/s41598-018-27695-5
2. https://www.sciencedaily.com/releases/2018/06/180619122525.htm
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