人类离开非洲的迁徙,都记录在基因组

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文 / 寒波

现在不论是考古学的化石型态,或遗传学的 DNA 证据,都支持“全世界人类最早的祖先是源自于非洲”这样的论点。

然而,全人类的祖先只离开过非洲一次吗?各地族群分家的过程又是如何?在迁徙的途中,有没有和如今早已灭绝的古代人种混血?随着近年来突飞猛进的基因定序与统计分析技术,科学家已能将上述问题一一破解。

掌握 DNA 变异,让遗传学家加入研究历史的行列

遗传学家运用 DNA 分析技术,推估人类各族群在历史上的分化过程,依循的是一项基本原则:“多做多错,少做少错”。

人类代代相传,把遗传讯息借由 DNA 传承下去。而每次 DNA 复制时都有一定的出错机率,宝宝与父母之间的遗传资讯势必会存在少数差异。每个个体都拥有自己独一无二的特定变异,但遗传上的同一个族群,也就是成员间互相情欲交流,交换基因的一群人,彼此之间会同享一些共通的祖传 DNA 变异。

一群人从本来的族群分化出去以后,会形成新的支系,此后不再与原本的族群交流,累积了不一样的遗传变异,借由侦测这些差异,或是称作“SNP(单核苷酸多型性,全名 single nucleotide polymorphism)”的 DNA 位置,遗传学家就能变身为历史学家,重建 DNA 传承的脉络。

“多做多错”的意思是,两个族群分开后,经历的世代愈多,DNA 复制愈多次,累计的差异就愈大,科学家就能由此来回推两个族群分家的时间。另一方面,不同支系各自有其祖传的 SNP,靠着侦测一个人具有哪些特定的 SNP,就能得知其基因组的来源有哪些族群,甚至计算来自不同祖源的比例与混血发生的阶段。

较早离开非洲的智人,DNA 是否流传至今?

现存的所有人类,都属于智人(Homo sapiens)这个物种,根据化石记录,最早的智人约 20 万年前出现在非洲东部,而非洲以外最老的智人化石,则位于 12 万年前的黎凡特(现在的以色列),去年报告的东亚(现在的中国湖南省)最早智人,则距今至少 8 万年 [1]。

过去遗传学估计,非洲以外任何族群的祖先距今都不超过 8 万年,相较于上述几个化石的年代要来得更晚,所以应该能够确认,智人不只离开过非洲一次。

新的问题是,现在各地的人类族群,都能追溯到同一次“出非洲(Out of Africa)”事件吗?较早离开非洲的智人或许全都灭绝了,DNA 讯息已经完全消失;但他们也可能又融入后来的新移民之中,一起传承至今。

人类遗传史的研究,早期取样有限,通常只有非洲、欧亚大陆西方的欧洲人、东方的中国汉人,以及大洋洲的巴布亚人(Papuan,位于澳洲北方的新几内亚)或澳洲原住民作为代表。然而世界上还缺乏许多族群的遗传资讯,这其中可能潜藏了一些重要的线索。

最近 2 项蒐集许多之前遗漏的族群,希望获得更全面资讯的大型基因组定序计划发表:采集全世界 142 个族群,300 位个体样本的“Simons Genome Diversity Project”(以下简称“西蒙斯计划”)[2],以及 148 个族群,483 个基因组的“Estonian Biocentre Human Genome Diversity Panel”(以下简称“爱沙尼亚计划”)[3]。两者得到大多一致、少数不同的结论。

尼安德塔人(Homo neanderthalensis)、前人(Homo antecessor)、智人(Homo sapiens)、直立人(Homo erectus) 之头骨比较。

尼安德塔人(Homo neanderthalensis)、前人(Homo antecessor)、智人(Homo sapiens)、直立人(Homo erectus) 之头骨比较。

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非洲以外的人,都能追溯到同一次移民事件

要如何得知各族群祖先与非洲人之间,只分家过一次或是好几次?假如只分家一次,非洲以外的族群由于都来自同一群祖先,那么大家相对于非洲人,都会累积一样多的变异;相反的,若是分家超过一次,不同族群与非洲人比较,各自的差异就会不一样。

若只考虑现存的族群,大洋洲人与非洲人的差异,比起其余族群与非洲人要更大一些;过往有些研究正是基于这个理由,判断现在的人类离开非洲不只一次,在大洋洲人先离开后,欧洲与东亚人的共祖之后才离开,随后再分为东西两边。

然而,根据近期的古代 DNA 研究,巴布亚人的祖先曾与已灭绝的古代人种“丹尼索瓦人(Denisovan)”混血,这或许会影响研究人员的判断。西蒙斯计划在测试过各种假设模型后发现,只要再纳入丹尼索瓦人的 DNA 一起考虑,即可理想地解释,巴布亚人的额外差异其实来自远古的混血,而非与其他智人族群更早分家。

爱沙尼亚计划也将丹尼索瓦人的 DNA 一并纳入计算,却发现巴布亚人仍有更多差异,这组研究者修正的方法是:多纳入一个未知支系。这个假想的族群大概在12万年前与非洲人分家,因此应该属于早已消失的智人支系,他们先离开非洲,后来又碰上巴布亚人的祖先,融入其基因组,贡献其中至少 2% 的 DNA。

至于更早离开非洲的移民有无流传至今,两个研究所得到的结果不一,或许是因采用的样本和分析方法不同所导致,目前仍无法判断出问题之处,以及何者较为正确。但至少可以确认,大洋洲人、欧洲人,与亚洲人有着共同的祖先,绝大部分的血脉都能追溯到当年离开非洲的同一群人。

人类行为的跃升,不只靠少数基因

此外,人类遗传史不只包含分家与迁徙,还有适应。智人在 20 万年前诞生,行为却等到很久之后才发生明显的变化,这些改变会不会与遗传基因有关?西蒙斯计划也试图回答这个问题。

假如某个基因突变对行为改变有关键影响,大部分人的基因组中,都应该能侦测到这个版本的基因变化(或某段 DNA 序列),但各种分析方法却得到一致的结论:近 10 万年内,比 5 万年更早之前,没有任何一个符合这种特征的基因。这个初步分析仍无法排除基因突变导致行为进步的可能性,却能确认人类行为的跃升,并非仅由少数遗传变异所促成。

这么多新的 DNA 资讯,能探讨的题材当然不限于人类遗传史。而这些精彩的研究也只是个开始,有关人类演化、遗传多样性、基因的改变与适应等等,未来还有更多的问题和新的迷团,有待世人找到解答 [4]。

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参考文献:
1. Human migration: Climate and the peopling of the world
2. Mallick, S., Li, H., Lipson, M., Mathieson, I., Gymrek, M., Racimo, F., … & Skoglund, P. (2016). The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations. Nature.
3. Pagani, L., Lawson, D. J., Jagoda, E., Mörseburg, A., Eriksson, A., Mitt, M., … & Wall, J. D. (2016). Genomic analyses inform on migration events during the peopling of Eurasia. Nature.
4. Population genetics: A map of human wanderlust

(作者部落格《盲眼的尼安德塔石器匠》、同名的粉丝团《同名的粉丝团》,欢迎参观、拍打、与喂食)

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