腫瘤突變負荷（Tumor mutational burden, TMB）為衡量腫瘤細胞攜帶的突變數量的指標，被認為是新興的生物標誌物。近日，約翰·霍普金斯·金梅爾癌症中心 (Johns Hopkins Kimmel Cancer Center)、彭博－金梅爾癌症免疫治療研究所 (Bloomberg-Kimmel Institute for Cancer Immunotherapy)、約翰·霍普金斯大學醫學院 (Johns Hopkins University School of Medicine) 團隊共同開發整合的基因組方法，並且指出該方法能助醫師預測非小細胞肺癌 (NSCLC) 患者對免疫檢查點抑製劑的治療反應性。
研究人員從美國國家癌症研究所 (National Cancer Institute’s Cancer Genome Atlas) 的癌症基因組圖譜數據庫中評估了 3,788 份腫瘤樣本（包含膀胱癌、乳腺癌、結腸癌、頭頸癌、腎癌、非小細胞肺癌、黑色素瘤）及先前發表的免疫療法研究的 1,661 份腫瘤治療樣本資料，再透過全外顯子組定測序 (whole exome sequence, WES) 和靶向次世代定序 (targeted next-generation sequencing) 觀察到 TMB 估計值的複雜性。然後，研究團隊發現 TMB 與腫瘤純度之間存在顯著相關性——腫瘤純度越高則與 TMB 實際值愈接近，相反地，當腫瘤純度越低則 TMB 估計愈不凖確。
為了克服 TMB 值和樣品腫瘤純度（腫瘤數量與正常細胞數量比例）相依存而無法準確估計之限制，該研究團隊根據腫瘤純度估算每個腫瘤的校正 TMB 值，利用來自癌症基因組圖譜的信息模擬了 20,000 種具有不同 TMB 水平和定序覆蓋率的腫瘤，此外，他們亦開發了綜合的反應模型用以交叉分析校正後的 TMB 與病患基因組特徵和其抗原呈現能力。
相關研究目前用於評估患者對免疫療法反應的生物標記物，如檢測癌細胞表面蛋白 PD-L1 濃度試驗，而該檢測方法也應用於更準確估計 TMB 並優化肺癌、結腸癌、黑色素瘤和其他實體瘤患者對免疫治療反應的預測。
延伸閱讀：FDA 公布肌萎縮側索硬化症（ALS）產業開發指引 盼加速更多藥物上市撰文/ Ella Chen
參考資料：
- https://www.nature.com/articles/s43018-019-0008-8
- https://www.genengnews.com/news/multimodal-genomic-predictor-of-immunotherapy-success/
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