台灣的非侵入性胎兒染色體基因檢測開始於2011年，香港的BGI華大基因與時任台大醫院婦產科的蘇怡寧醫師合作，開始在台灣推廣非侵入性胎兒染色體基因檢測(NIFTY)，但初期民眾的接受度並不高。
2012年，訊聯生技和中國北京的貝瑞和康(Berry Genomics)合作，將中國的非侵入性胎兒染色體檢測(NIPT)引進台灣，並開始透過推婦產科診所與醫院廣進行推廣。2012年9月，蘇怡寧醫師因故離開台大醫院，創立慧智基因，以先前跟香港BGI合作的經驗為基礎，開始在台灣進行檢測，並終止和香港BGI的合作關係，讓BGI暫時退出台灣市場。因此，台灣早期的NIFTY市場，主要由訊聯生技和慧智基因所均分。但因為台灣民眾長期習慣於全民健保的廉價化醫療服務，對於自費醫療項目的接受度並不高，多數選擇費用低廉的血清指標篩檢和羊膜穿刺檢查，因此非侵入性胎兒染色體基因檢測的普及率尚低(1~2%)，年度市場規模大約在3000-4000例左右，年產值約9600萬元。2014年3月，台灣基康(Genehealth)與香港 BGI 再度引進非侵入性胎兒染色體基因檢測NIFTY，並在一年內異軍突起，成功取得超過20%的市場占有率，與訊聯生技和慧智基因形成三足鼎立之勢。
目前台灣主要的檢測供應商主要為: 訊聯生技、台灣基康、慧智基因等三家，因為長期經營醫療院所通路，就合計囊括了90%的市場佔有率。另外，來自美國的檢測商Natera和Ariosa Diagnostics在台灣也有提供NIPT檢測服務，但無法有效掌握台灣的醫療產業生態，加上定價策略較其他三間優勢廠商缺乏競爭優勢，因此始終保持只有3~5%左右的市場占有率。孕婦接受檢測的收費則是在20,000-24,000元之間，各家因檢測項目多寡收費不一(詳見附表)。
2014年5月，台中發生一起孕婦因接受羊膜穿刺而引發感染造成母胎雙亡的不幸事件，引起大眾對於羊膜穿刺的安全性產生疑慮，正視侵入性檢查可能造成的風險。許多孕婦轉而尋求安全又能兼具準確性的產檢方式，讓非侵入性胎兒染色體基因檢測的需求日益提升，普及率從2%逐漸成長到將近5%的水平，年度市場規模也提升到近10,000例，年產值約2.5億元。有鑑於商機蓬勃，數家生技公司(例如:基龍米克斯和宣捷幹細胞生技)也紛紛投入非侵入性胎兒染色體基因檢測的業務推廣，但身為市場後進者，仍無法撼動訊聯生技、台灣基康、慧智基因三強鼎立的局面。
2014年11月，台灣衛生福利部國民健康署公告提高34歲以上孕婦的羊膜穿刺費用補助至新台幣5000元，雖然立意良善，但卻變相鼓勵民眾選擇侵入性產檢，讓孕婦與醫療人員面臨更多的醫療風險，更與目前歐美先進國家除非必要否則不鼓勵孕婦接受侵入性檢查的趨勢完全背道而馳。
台灣政府補助政策讓非侵入性胎兒染色體基因檢測市場的成長速度在短期內趨於緩慢成長，但長遠來看，台灣的非侵入性胎兒染色體基因檢測的普及率仍遠遠低於歐洲、美洲甚至亞洲其他國家，有非常大的成長潛力。
