美国纽约著名的凯特琳癌症中心 (Memorial Sloan Kettering Cancer Center, MSK )，近日针对年轻肿瘤患者进行综合定序，发现有超过半数患者中出现至少一种以上的癌症相关致癌变异，若扩大基因检测将有助于早期发现，早期治疗。这项研究结果发表于《自然通讯》( Nature Communications )杂志。
MSK-IMPACT 检测套组获 FDA 正式授权，但仅适用于成年人
该研究对象为 114 名儿童、青少年和年轻成人，将检测结果与传统常使用 MSK-IMPACT 套组进行比较，发现其中有 62 名( 约 54% ) 患者有至少一种以上的癌症相关致癌变异；另外，有 33 名患者出现至少一项变异是具直接或潜在的临床可操作相关性( actionable relevance)，这项结果可以帮助研究团队以另一种角度来评估年轻的癌症患者。
MSK-IMPACT 是由凯特琳癌症中心 Michael Berger 博士所研发的一个基于次世代定序技术（NGS）的实体肿瘤检测平台，用于检测福马林固定的石蜡包埋的肿瘤组织（Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded, FFPE）样本中基因突变及遗传变异，可检测包含点突变 ( point mutations )，微插入和微缺失等基因变异，用于寻找癌症相关基因突变。
这种检测方法适用于患常见癌症的成年人，如乳癌、大肠癌、肺癌和前列腺癌患者，但对儿童和年轻患者的罕见癌症，这些测试就无法将患者匹配至适当疗法。这是因为在年轻患者中，驱动肿瘤的突变类型往往与成年患者不同。
MSK-IMPACT 的 DNA 定序测试在定序前后会进行比对，确认两份样本来自同一个病人，才会继续检测流程，避免因为样本处理与定序时的各个环节中发生错误，而导致检测结果不可靠。MSK-IMPACT 可以一次对患者肿瘤 500 多个基因的相关基因突变与遗传变异进行灵敏的侦测，也可以对这些基因所有的重要区域进行定序，医生可以透过这些检测，找出肿瘤的遗传特征与可用的药物，来帮助特定患者受益。
MSK 儿科主任、研究癌症的医学科学家 Andrew Kung 说：“成人癌症通常是由于长期暴露在各种致癌物所导致的突变，而儿童癌症通常是所谓的点突变，也就是基因中的一个 DNA 发生了变化，驱动突变通常位于已知癌症基因的边界之外，现有检测无法侦测到它们。”
全基因组定序将成为分析肿瘤的另一选择
为了更好地视觉化这些癌症基因变异的结构，研究人员不仅需要特殊方法来解读特定癌症相关基因“单词（words）”或基因的组合变化，还要能够分析段落和前后文中单词的组织。Kung 博士和他的同事相信采用全基因组 DNA 和 RNA 定序（whole genome DNA and RNA sequencing）所提供的技术，能对癌症儿童的诊断与护理产生重要影响。
不过在全基因组定序成为分析肿瘤的首选诊断检测之前，还有几个障碍需要克服，其中最大的障碍是要能够“理解来自对整个基因组的数十亿个 DNA 字母的定序所产生的大量数据”，精确定位在一个时间框架内，并将临床讯息传达给医疗人员以帮助做出决策。与已发表的研究中需要数周或数月的标准方法相比，这项研究的人员改进了对此类数据的分析，在几天内便可以完成。
尚未有其他替代测试能侦测儿癌
研究人员强调，目前测试的全基因组定序平台尚不能取代 MSK-IMPACT 检测，因既有的 MSK-IMPACT 可以很好地捕捉到患常见肿瘤的成年患者的相关突变；而新研究则是希望为儿科患者和其他患有罕见癌症的人开创更全面的方法，期能更加精进医疗并更具检测方法多样性，让每位癌症患者可以从中受益。
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1. Nature Communications, 2022; https://www.nature.com/articles/s41467-022-30233-7
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