假如人类基因突变机率像草履虫,没有人会得癌症?

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突变-当 DNA 复制出错

假如没有突变,生命将缺乏变化,不可能由简单的单细胞结构,演化成如此复杂的人类。某些突变能带来优势,对生存有利,例如高海拔缺氧环境的适应力;然而,突变却也会造成遗传性疾病、让人得到癌症。还有许多突变,既不有利,也不有害,就是个没有存在感的遗传变异(最适合作为追溯遗传史的“祖源分析”材料)。

绝大部分生物以 DNA 为遗传材料,假如 DNA 复制时产生错误(RNA 病毒亦同),制造出与本来不同的核苷酸,例如把 A 做错成 G,而修复机制又没能成功修理,那么和原本不同的序列就会保留下来,成为基因组中新的变异。

了解突变发生的机率,也就是突变率(mutation rate)相当重要。知晓突变率能有很多用途,像是探讨不同生物间的亲缘关系,了解如兹卡病毒之类传染病的传播历程;癌细胞更是以突变闻名,知道突变率,才能追踪癌症的演化,评估治疗方案。

在过去,想计算少数基因的突变率还能办到,但是延伸到整个基因组并不容易。基因组很大,突变率就算再高,突变总数也一定是九牛一毛,占整体的比例很低。不过随着 DNA 定序技术突飞猛进,如今即使定序几十个基因组,也不是太费力气。科技进步使得遗传学家,能够深入探讨有关突变率的问题。

今年三月底举行的“Mutation Rate Evolution Meeting”,请到多位研究突变率的学者与会;Science 新闻特别报导了这场研讨盛会。

延伸阅读:《未来人类:人类将演化到哪里去?》-认识演化法则,思考我们的将来

遗传多样性愈大,突变率愈低

比较亲代与子代基因组之间的差异,能够得知突变率。归功 DNA 定序技术的发达,遗传学家算出约 40 种生物的突变率,而且取样全面,包括单细胞的原核生物、单细胞真核生物,以及各式多细胞生物,特别是人类的猿猴近亲们。

不同生物的突变率藏着什么玄机?若是再加上“有效族群量(effective population size )”这个数据,将能看出非常有趣的趋势:有效族群量愈小,突变率愈大,两者呈现反比关系。

有效族群量,意思是一种生物中,参与生殖的个体总数;假如遗传多样性愈高,估计的有效族群量就会愈大。有效族群量未必和当下的个体数目成正比,最知名的案例就是人类;人类祖先演化史上一直人口不丰,还经历过瓶颈,损失大把多样性,使得尽管如今超过 70 亿人口,却仍没有累积多少遗传差异,有效族群量估计值只有一万人左右。

人类的几种灵长类亲戚,突变率都差不多,是已知生物中最高的。牠们的有效族群量也都很小,黑猩猩、非洲绿猴稍微低于人类,红毛猩猩、大猩猩则是稍高。相比之下,蜜蜂的有效族群量更大(16 万),突变率明显比人类低;黄果蝇与老鼠 80 多万,突变率又更低一些。

至于单细胞生物们,不论是原核的大肠杆菌,或是真核的草履虫,有效族群量通通超过 5 亿,是所有生物中最高的一群;而它们的突变率,也处于各种生物中最低的极端。Kelley Harris 博士表示,假如人类细胞修复 DNA 的能力如草履虫强大,将不会有机会罹患癌症。

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人类突变率为什么这么高?

演化名家 Michael Lynch 提出“漂变障碍假说(drift barrier hypothesis)”,解释突变率与有效族群量为何呈现反比。生物演化时,若 DNA 序列随机变化称作遗传漂变,相对于天择是非随机的,一个变异若是有利,频率就会增加,反之亦然。在较大的族群中,天择作用的力量较强;而较小的族群内,漂变会增加影响力。

新突变诞生后,有害的机率大于有益,因此天择理论上倾向降低突变率。然而人类由于演化史大部分时间中,算是人口不多的小族群,因此漂变比天择更有影响力;换句话说,天择扫除有害突变的效果不是太好。所以灵长类突变率高的原因,是牠们的族群太小,导致漂变影响力太大,使得天择无法有效降低突变率(例如优化 DNA 损伤修理基因的能力)。

突变也可能受到外在环境影响。另一有趣的发现是,在欧洲新石器时代早期,农夫基因组中由 C 变 T 的突变,远超过采集狩猎族群。Kelley Harris 猜测是由于农夫营养不良,造成基因缺陷,使得 C 变 T 这一类突变增加所致。若是推论正确,意谓环境会影响突变率。

漂变障碍假说很有意思,营养匮乏影响突变率听来也很合理,随着基因体学进展,未来更多研究将能阐明这些论点是否正确。当我们更了解遗传奥秘,实在的应用将随之而来,总是如此。

文 / 寒波

延伸阅读:让基因检测更正确 从非洲探索失落的遗传多样性

参考文献:
1. Mutation Rate Evolution Meeting 2018. http://spfeiferlab.org/meeting/
2. Why microbes are better than people at keeping DNA mutations at bay
http://www.sciencemag.org/news/2018/04/why-microbes-are-better-people-keeping-dna-mutations-bay
3. Sung, W., Ackerman, M. S., Miller, S. F., Doak, T. G., & Lynch, M. (2012). Drift-barrier hypothesis and mutation-rate evolution. Proceedings of the National Academy of Sciences, 109(45), 18488-18492.
4. Sniegowski, P., & Raynes, Y. (2013). Mutation rates: how low can you go?. Current biology, 23(4), R147-R149.

(作者部落格《盲眼的尼安德塔石器匠》、同名的粉丝团《同名的粉丝团》,欢迎参观、拍打、与喂食)

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