新兴药物数据库《DrugCentral》 助人从砂砾中挑珍珠

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药物数据库一个药物要成功上市,大多需要走过数十年的研发过程。万事起头难,起初的研究和资料搜寻也如同大海捞针。因此,若有一个好数据库,不但能帮助研发人员找到研究方向和策略,也能帮助公司减少专利侵权的机率,进而减省不少成本和时间。

《DrugCentral》为近年来兴起的药物数据库,它于 2016 年首次公开,并在 2017 年《核酸研究数据库》(Nucleic Acids Research Database, NAR Database) 中发布。它收集药物活性成分(active pharmaceutical ingredients, API)、药物疗效标靶(如人类蛋白标靶、传染病标靶、代谢物和生物聚合物)、药物晶体复合物(protein–drug crystal complex, PDB)、生物活性位点(bioactivity data points)、药理分类、适应症、禁忌症 、仿单标示外使用(off-label uses)、外部标识符号(external identifiers)、药物配方(pharmaceutical formulations)。

根据 Google 学术搜索显示,自首次发布以来,DrugCentral 已被引用 33 次,它也已被整合到多个开放的公共资源平台,如 ChEMBL、ChEBI、PubChem、Probes and Drugs、 Pharos和repoDB。

近日,DrugCentral 推出 2018 年最新版本,它分别新增 103 个新 API (小分子药物与生物制剂为大宗)、 1656 个生物活性位点、3624 个外部标识符号以及 10420 种新药物配方资讯,其中 56.55% 为非处方(over the counter, OTC)配方。此外,它更另外新增美国食品药物管理局(FDA)不良事件数据、具治疗等效性评估之核准药品目录(Approved Drug Products with Therapeutic Equivalences,又称橘皮书,The Orange Book)资讯、质子化常数(protonation constants,酸碱解离常数)、整合性细胞网络数据库(Library of Integrated Network-based Cellular Signatures, LINCS)的 L1000 连接搅动地图(L1000 Connectivity Map perturbational profiles),简称 LINCS L1000 地图。

橙皮书目前包含 34850 种已上市和和 14766 种已停产的药物资讯,以及市场独占性和专利讯息,以及 20084 种独特的市售配方,其中 96.56% 是处方药,而 3.44% 是 OTC。质子化常数与人体吸收药物成分、分布、代谢、排泄和毒性有关。LINCS L1000 地图,则是应用于分析高通量细胞株经药理学处理或基因体扰动后(敲除或过度表现)的基因表现变化。

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参考资料:
1. Nucleic Acids Research, gky963, https://doi.org/10.1093/nar/gky963
2. http://drugcentral.org

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